Nutrition personnalisée selon votre microbiote : science ou marketing ?

Qu'est-ce que le microbiote et pourquoi nous importe-t-il autant ?

Dans notre intestin cohabitent des billions de micro-organismes — jusqu'à cent milliards de bactéries par gramme dans le côlon — dans une relation de symbiose avec notre corps. Depuis le début des années 2000, la métagénomique, qui permet d'analyser directement l'ADN des bactéries présentes dans les selles, a considérablement amélioré notre compréhension de ce microbiote. L'une de ses fonctions les mieux connues est la fermentation des fibres : les fibres fermentescibles qui ne sont pas digérées dans l'intestin grêle parviennent au côlon, où les bactéries les fermentent et produisent des molécules essentielles comme le butyrate, qui nourrit les cellules du côlon et contribue à réguler le système immunitaire.

Le problème : il n'existe pas de définition du « microbiote sain »

Malgré les avancées, il n'existe toujours pas de définition consensuelle de ce qu'est un microbiote sain, comme le rappelle Mélanie Deschasaux-Tanguy, coordinatrice de la section microbiote de la grande cohorte NutriNet-Santé. En réalité, les scientifiques ont progressivement abandonné l'idée d'un « noyau » de bactéries identiques partagé par toutes les personnes en bonne santé, et préfèrent parler d'un « noyau fonctionnel » : non pas les mêmes bactéries chez tous, mais des fonctions similaires assurées par des micro-organismes différents. Autrement dit, deux personnes en bonne santé peuvent avoir des bactéries très différentes accomplissant, au fond, le même travail.

La nutrition personnalisée selon votre microbiote, est-ce que ça fonctionne ?

Voici la réponse honnête d'aujourd'hui : pas encore, ou du moins pas comme on le promet. Malgré quelques recommandations générales, il n'est actuellement pas possible de concevoir des régimes personnalisés fiables basés sur le microbiote. Les spécialistes qui travaillent dans ce domaine s'accordent à dire qu'à court terme, ces approches ont davantage de sens en tant que thérapie ciblée sur des situations précises que comme « régime sur mesure » pour la population générale. C'est pourquoi il convient d'être prudent face aux tests commerciaux qui promettent de vous dire exactement quoi manger en fonction de vos bactéries : ils promettent plus que ce que la science peut soutenir.

La diversité compte davantage que n'importe quelle bactérie en particulier

S'il y a une chose que nous savons avec une certaine assurance, c'est que la diversité du microbiote est essentielle : plus elle est grande, mieux l'organisme résiste aux bactéries pathogènes et plus il bénéficie d'interactions favorables avec d'autres organes. Pour la favoriser, les classiques « cinq portions de fruits et légumes par jour » ne suffisent pas : les experts, comme Joël Doré (directeur de recherche à l'INRAE), recommandent avant tout de consommer environ trente végétaux différents par semaine — fruits, légumes, légumineuses, céréales complètes, fruits à coque et graines —. La variété des fibres nourrit une variété de bactéries.

Les ultra-transformés et les émulsifiants

De l'autre côté de la balance se trouvent les aliments ultra-transformés. Benoît Chassaing, de l'Institut Pasteur, a décrit que certains additifs, comme certains émulsifiants, peuvent altérer le microbiote et favoriser une inflammation chronique associée à des maladies comme le diabète de type 2. Mais il y a une nuance importante et très révélatrice : ces effets ne sont pas uniformes. Certaines personnes semblent très sensibles aux émulsifiants, tandis que d'autres les tolèrent sans problème. Et cette variabilité individuelle est précisément l'une des raisons pour lesquelles il est si difficile de personnaliser l'alimentation en fonction du microbiote.

Alors, que puis-je faire dès aujourd'hui ?

La bonne nouvelle, c'est que vous n'avez pas besoin de connaître la carte exacte de vos bactéries pour en prendre soin. Ce qui est aujourd'hui soutenu par les preuves est simple et puissant : mangez beaucoup de végétaux et, surtout, variés — cette idée de se rapprocher de trente plantes différentes par semaine est un excellent repère —, privilégiez les fibres (légumineuses, céréales complètes, légumes, fruits, fruits à coque et graines) et limitez les ultra-transformés et les additifs comme les émulsifiants. Cela favorise la diversité de votre microbiote et sa production de molécules bénéfiques comme le butyrate, sans avoir besoin d'aucun test.

Comment lire les tests commerciaux de microbiote

Les tests qui analysent votre microbiote peuvent être intéressants pour la recherche et, dans certains cas précis, pour des situations médicales ciblées. Mais aujourd'hui, ils ne peuvent pas vous dire, avec des preuves solides, ce que vous devez manger exactement pour être en meilleure santé. Si un test promet un « régime sur mesure selon vos bactéries » avec des résultats garantis, vous êtes face à une promesse marketing qui devance la science. Et cela, en matière de santé, est toujours un signal pour avancer avec prudence.

Ce que je veux que vous reteniez

Le microbiote est fascinant et véritablement important : il intervient dans la digestion, l'immunité et l'inflammation. Mais la science de la personnalisation de l'alimentation en fonction du microbiote est encore jeune. La bonne nouvelle, c'est qu'il n'est pas nécessaire d'attendre qu'elle arrive à maturité : le levier le plus puissant, nous le connaissons déjà et il est universel — une alimentation variée, riche en végétaux et en fibres, et pauvre en ultra-transformés —.

Je suis le Dr Florian Vallecillo. Prenez soin de votre microbiote avec ce que nous savons déjà qui fonctionne, et méfiez-vous de ceux qui vous vendent des certitudes que la science n'a pas encore. En nutrition, comme en médecine esthétique, ce qui est sérieux n'est presque jamais ce qui promet des miracles sur mesure.